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物种形成/ DNA条码技术

物种形成和DNA条形码是利用相同序列数据的独特项目. 因此, 通过序列的收集和系统发育分析,可以对这两个目标作出推论.

物种形成

褐藻的分类是高度悬而未决的,有很多研究关于物种形成事件. 了解褐藻的进化历史有助于我们更好地对藻类进行分类, 了解海藻在海洋盆地之间的运动, 从单细胞到多细胞的转变, 以及流型对演化的影响. 对物种形成事件的研究往往需要一个以上的基因区域才能对物种形成事件进行推断.

DNA条码技术

DNA条形码技术已成功应用于红、绿和一些褐藻的研究. DNA条形码是一个短的基因区域,一旦测序,就能给出明确的物种身份. 选择用分子变异而不是形态变异来鉴定物种,可以避免由于表型可塑性高而导致的误认问题. 有效的DNA条形码大约有700个碱基对,集中在一个或部分基因区域.

布莱恩分析了一种凝胶.Eisenia arborea

在世界各地的温带潮下群落中,海藻森林是非常多产的生态系统. 过去的研究表明,浅层和深层潮下带之间的水流和水动力压力的差异可能会形成藻类的形态.  是在卡塔琳娜岛附近的浅潮下和深潮下的海藻种类的一个例子吗, 加州, 每一个都有不同的形态. 形态分化是表型可塑性还是遗传差异引起的尚不清楚. 这项研究的目的是确定这些种群是否仍然是一个适应了两种不同环境的物种,还是已经足够多样化,被认为是两个不同的物种. 采集了这两个潮下种群的样本,并提取了所有样本的DNA. Based on the difference in polysaccharide content from the total genomic DNA extractions; variation between these two populations were evident. 两个基因区域, 扩增一个核(LSU [Z片段]的5 '端)和一个线粒体(cox 1 5 ')并测序. 系统发育分析LSU Z片段和 考克斯1 5 ' 基因区域表现出显著的遗传变异. 这两种方法都有望作为DNA条形码/标记来区分浅层种群和深层种群的个体. 对这两个种群的两个基因区域进行进一步测序和系统发育分析,随后将获得令人兴奋的结果.

DNA条码技术在 海藻

 是最重要的生态和广泛分布的褐藻属之一. 该属通常形成或远洋浮动床或大型海岸站在热带亚热带海洋盆地在世界各地. 然而, 它的进化历史和系统发育仍有许多有待发现的地方, 但由于无法100%准确地识别物种,这一进展受到了阻碍. 鉴定方面的问题是由于表型可塑性和隐种的高比率以及缺乏对加勒比地区的研究 海藻 物种. 在巴拿马的沿海地区尤其如此, 哪些地方的物种多样性估计较高,有许多潜在的未发现物种. DNA条形码的发展 海藻 能否解决传统的形态学鉴定的问题,并为系统发育分析提供数据. 这个项目的目的是比较三个基因区域的条形码效用, 并利用所得到的数据有助于解决 海藻的发展史. 从巴拿马周围地区的加勒比海和太平洋获得了21个样本. 采用改良CTAB法提取样品,用genome法扩增全基因组,保存DNA. 选择几个基因区域,扩增(e.g. 路易斯安那州立大学, 加拿大皇家银行L和ITS-2),并测序. 成功提取21个样品,并将全基因组扩增产物存档,以备后续使用. 使用新的和GenBank数据,正在为该属建立单个基因区域的主比对. 系统发育分析显示,LSU片段Z没有足够的变异来作为条形码. 未来的研究方向是将LSU Z与另一个LSU片段或其他基因区域配对. 

Ascoseira

 是南极恶劣环境下特有的一种藻类吗. 子囊藻目,像其他褐藻目一样,有一个高度未解决的分类. Ascoseira君子兰 表现出不同的形态之间的地区与湍流和平静流状态. 柄长差异是由于表型可塑性还是适应性进化变化尚不清楚. 标本采集自三个不同的地区, 提取基因组总DNA,扩增ITS-2区和ITS-2区 加拿大皇家银行L被执行. 序列比对并进行系统发育分析. 在基因区域没有发现足够的变异来确定两个种群之间是否发生了物种形成. 未来的研究将集中在其他几个基因区域以及Radtag分析.